Lysá nad Labem se nachází v tradiční zemědělské oblasti Polabí, v nejstarší trvale osídlené krajině v Čechách. Souvislé osídlení dokládají četné archeologické nálezy. Vrchy v okolí vystupující z ploché nížiny vedly ke vzniku opevněných sídel. Nejmladším z nich byl přemyslovský dvorec (hrádek) doložený již v 11. století. Na jeho předhradí se nacházela nejstarší církevní stavba, rotunda sv. Desideria.

Ve 13. století se Lysá stala majetkem českých královen. Královna Guta, manželka Václava II., založila v roce 1291 středověké město. Sjednotila rozptýlené osídlení pod lyským hradem, nechala vystavět nový farní kostel a obyvatelům udělila první měšťanská práva. V majetku královen však Lysá dlouho nezůstala, během 14. století byla zastavována předním českým šlechtickým rodům. Na začátku 16. století šlechtičtí majitelé v osobách významného rodu Smiřických získali Lysou natrvalo do svobodné šlechtické držby.

V polovině 16. století se však Lysá cíleným nákupem vrátila zpět do držení habsburských císařů, kteří v Polabí systematicky budovali velkou komorní doménu. Doba císaře Rudolfa II. přinesla i do Lysé ozvuk jeho evropsky známého dvora. Z Lysé se stal díky okolním lesům vyhledávaný lovecký zámek.

Třicetiletá válka znamenala pro Lysou pohromu. Poloha na strategické stezce Praha-Hradec Králové-Wroclaw přivedla do Lysé množství vojáků, drancování a požárů. Došlo k poklesu a výměně obyvatelstva, Lysá upadla do stagnace. V roce 1647 ho získal císařský generál jízdy Jan Špork, který z něj začal budovat centrum nového panství rodu přišedšího ze severního Německa.

Největšího rozkvětu v předmoderním období dosáhla Lysá za jeho syna Františka Antonína Šporka. Bohatý barokní šlechtic, mecenáš předních umělců v čele s M.B. Braunem, P. Brandlem a H. M. Rentzem, vytvořil z Lysé velkolepou barokní rezidenci. Jeho odkaz se propsal především do okolní krajiny, která nese některé stopy dodnes. Pozvedlo se i město přestavbou zámku, výstavbou augustiniánského kláštera, nového farního kostela Jana Křtitele a jedinečnou sochařskou výzdobou zámeckého parku. V okolí města vyrostly letohrádky (Nové stavení), špitály (Karlov), poustevny, kuriózním areálem byl vzdálenější zámeček Bon Repos. Došlo i k založení nové vsi (Byšičky). Většina z jeho odkazu však po polovině 18. století zmizela.

Další rozvoj města je poté záležitostí až druhé poloviny 19. století. V souvislosti se stavbou železnice Kolín-Litoměřice a od r. 1871 Lysá-Praha se začalo město rozrůstat. Jako jinde v Polabí se v Lysé objevil silný cukrovarnický průmysl, reprezentovaný od 90. let 19. století cukrovarem v Litoli. Průmysl zůstával v Lysé až do 30. let 20. století pouze lokální. Teprve před druhou světovou válkou se objevily významnější průmyslové podniky Lanna (Prefa), Vichr (Kovona).

Hranice města se začaly rozrůstat především v meziválečném období. Již od 16. století byly součástí Lysé Byšičky, obnovené jako vesnice začátkem 18. století. V druhé polovině téhož století vznikla nová osada Dvorec (Dvorce). V meziválečném období vyrostla nová zástavba mezi středem města a nádražím (Pivovarská ulice) a čtvrť Kačín na západě města. Vše vyvrcholilo připojením obce Litol, definitivně v roce 1949.

V 19. století se v Lysé narodilo, nebo zde působilo několik významných osobností. Narodili se zde Bedřich Hrozný, orientalista a rektor UK, Rudolf Jedlička, doktor, zakladatel sanatoria a Jedličkova ústavu pro postižené děti na Vyšehradě. Svůj aktivní život zde pak prožil Josef Vojáček, katecheta, historik Lysé a organizátor pěveckých spolků.

Vlajka města 
Ze zeleného pole vyrůstá bílá věž s cimbuřím o pěti čtvercových zubech a s prolomenou branou, výška věže se rovná polovině šířky listu a základna věže odpovídá pěti devítinám délky listu. Výška brány je polovinou výšky věže bez cimbuří a šířka brány je devítinou délky listu. Poměr šířky k délce listu je 2:3

Vlajka města
List tvoří dva vodorovné pruhy: červený a zelený v poměru 3:1. Ze zeleného pole vyrůstá bílá věž s cimbuřím o pěti čtvercových zubech a s prolomenou branou, výška věže se rovná polovině šířky listu a základna věže odpovídá pěti devítinám délky listu. Výška brány je polovinou výšky věže bez cimbuří a šířka brány je devítinou délky listu. Poměr šířky k délce listu je 2:3. Městskou vlajku navrhl vexilolog PhDr. Zbyšek Svoboda.